Zarówno określenie niezupełnie, jak i nie zupełnie może być poprawne, zależy to jednak od kontekstu, w którym chcemy go użyć.

Poprawna pisownia, znaczenie: nie zupełnie wykorzystywane jest wyjątkowo, jako słowo obrazuję przeciwieństwa dwóch zjawisk czy sytuacji. Obowiązuje w jego przypadku zasada pisowni, która mówi, że partykułę nie można napisać oddzielnie od przysłówka, jeśli taki zabieg ma podkreślić kontrast pomiędzy dwiema częściami wypowiedzi. Oznacza to, że określenie wymaga uzupełnienia przez kolejną część wypowiedzi, pokazującą właśnie kontrast.

Przykłady poprawnej pisowni

Nie zupełnie, a tylko trochę udało mi się ich przekonać podczas dzisiejszego spotkania do tego projektu.
Niestety, ale nie zupełnie, a jedynie połowicznie dobrze zrobiłeś te zadania, więc musisz jeszcze popracować.
Wydawało się, że nie zupełnie, a tylko odrobinę upewnili się względem naszych dobrych zamiarów.

Poprawna pisownia, znaczenie: określenie niezupełnie jest wykorzystywane częściej. Obowiązuje względem niego zasada mówiąca, że przysłówki z partykułą nie piszemy łącznie, jeśli opisują dany stan. W tym przypadku wyrażenie oznacza, że coś jest zrobione nie do końca, nie w pełni, a jedynie częściowo. Nie wymaga uzupełnienia przez inne części wypowiedzi.

Przykłady poprawnej pisowni

Niezupełnie zrozumiał ostatni wykład, przez co musiał dopytać koleżankę o wszystkie szczegóły.
Już wczoraj przewidział, że niezupełnie się dogadają w tej sprawie, dlatego nie zdziwił go jej opór.
Była niezupełnie gotowa, przez co jej chłopak musiał czekać jeszcze pół godziny, aż wyjdą.