Oba określenia niezaznaczone i nie zaznaczone są zapisane poprawnie. Każde z nich należy jednak stosować zgodnie z jego kontekstem.

Poprawna pisownia, znaczenie: nie zaznaczone jest wyrażeniem wykorzystywanym wyjątkowo, w sytuacji, w której chcemy podkreślić jakąś cechę i uwydatnić kontrast pomiędzy dwiema możliwościami. Tylko w tym kontekście możemy posługiwać się wyrażeniem zapisanym rozłącznie.

Przykłady poprawnej pisowni

W twoim tekście poprawki były nie zaznaczone, ale chamsko pokreślone i pomazane przez promotora.
Uważam, że to jest nie zaznaczone, ale zrobione na odczepnego, dlatego musisz poprawić.
Zrobił wszystko na odwal się, dlatego to było nie zaznaczone, tylko byle jak nabazgrolone.

Poprawna pisownia, znaczenie: wyraz niezaznaczone należy z kolei wykorzystywać, gdy ma prezentować cechę danego przedmiotu czy elementu, bez kładzenia szczególnego nacisku. W jego przypadku stosujemy ogólną zasadę, która mówi, że partykuła nie musi być zapisana razem z imiesłowem przymiotnikowym, jakim jest zaznaczone.

Przykłady poprawnej pisowni

Tamte trzy, niezaznaczone przez ciebie odpowiedzi nie zostały wzięte pod uwagę przy ocenie.
Wiedziała, że niezaznaczone ćwiczenia także powinna zrobić, aby dostać lepszą ocenę.
Cztery niezaznaczone na głównej liście propozycje także zostały rozpatrzone pozytywnie.