Oba słowa: nieuzupełnione oraz nie uzupełnione, mogą być poprawne, jednak każde z nich należy wykorzystać w odpowiednim kontekście.

Poprawna pisownia, znaczenie: nieuzupełnione to zaprzeczony imiesłów odczasownikowy, wywodzący się od słowa uzupełniać. Oznacza, że coś nie zostało odpowiednio napełnione przedmiotami, które będą tu z jakiegoś powodu potrzebne. Wyrazu tego nie trzeba uzupełniać innymi, poszerzającymi kontekst słowami. Obowiązuje w jego przypadku ogólna zasada pisowni imiesłowów i partykuły nie, która mówi, iż powinny znaleźć się zapisane razem.

Przykłady poprawnej pisowni

Zapasy są nieuzupełnione, amunicji brakuje i wszędzie wokół krążą zombie w tej grze.
Wszystkie ćwiczenia zostały u niej nieuzupełnione, ponieważ nie chciało się jej nigdy ich robić.
To trzeba nadrobić i wypełnić te wszystkie, nieuzupełnione wcześniej dokumenty według wzoru.

Poprawna pisownia, znaczenie: słowo nie uzupełnione można z kolei wykorzystywać w wyjątkowych sytuacjach, dla podkreślenia przeciwstawności poszczególnych określeń. Wymaga uzupełnienia o konkretne informacje, jakie cechy ma obiekt, które będą kontrastowały z przytoczonym słowem.

Przykłady poprawnej pisowni

Zacznijmy od tego, że wszystko jest tu nie uzupełnione, ale całkiem puste, więc trzeba to naprawić.
Widzę tutaj nie uzupełnione zgodnie z rozkazami, ale całkiem puste półki. Na co wy czekacie?
Zadania były nie uzupełnione, tylko zupełnie pobazgrane, przez co nauczycielka nie mogła ich odczytać.