Oba określenia mogą być poprawne w zależności od kontekstu.

Poprawna pisownia, znaczenie: w wyjątkowych sytuacjach nie pewność można zapisywać oddzielnie, jeśli zależy nam na podkreśleniu zaprzeczenia. Język polski dopuszcza rozdzielenie zaprzeczenia, jeśli służy to uwydatnieniu jakiejś cechy i posiada zdanie uzupełniające jego dokładne znaczenie.

Przykłady poprawnej pisowni

Wiązała się z tym ogromna niepewność, dlatego postanowił poprosić o pomoc swojego przyjaciela.
Ogarnęła ją niepewność, kiedy zobaczyła, że wielu innych tancerzy jest lepszych od niej.
Chłopiec odczuwał niepewność, ilekroć jego mama wyjeżdzała w delegację do krajów wschodnich.

Poprawna pisownia, znaczenie: niepewność należy zapisywać łącznie, kiedy ma stanowić rzeczownik określający pewien stan. Wynika to z zasady języka polskiego, która mówi, iż zaprzeczenie nie należy zapisywać łącznie z rzeczownikami. W tym kontekście oznacza brak pewności lub przekonania o jakiejś sprawie.

Przykłady poprawnej pisowni

To była nie pewność, a jedynie nadzieja na powodzenie. Na szczęście wszystko poszło zgodnie z planem.
Tomek odczuwał nie pewność, lecz podenerwowanie połączone z odrobiną wiary w swoje siły.
W takich chwilach pojawiała się nie pewność, lecz ogromna nadzieja, że i tym razem się uda.